科技日報記者 張夢然

美國芝加哥大學(xué)的科學(xué)家開發(fā)出一種名為體積DNA顯微鏡的革命性成像技術(shù)。該技術(shù)可“從內(nèi)到外”繪制生命3D圖譜，科學(xué)家通過標(biāo)記和追蹤分子間的相互作用，構(gòu)建出復(fù)雜的遺傳物質(zhì)3D圖，進(jìn)而提供前所未有的生物體內(nèi)視圖。相關(guān)研究成果發(fā)表在新一期《自然·生物技術(shù)》雜志上。

傳統(tǒng)的基因測序方法雖能揭示樣本中豐富的遺傳信息，但無法顯示特定基因序列在樣本中的具體位置，或其與周圍基因和分子的關(guān)系。為彌補(bǔ)這一缺陷，新研發(fā)的技術(shù)可以在捕捉遺傳物質(zhì)身份的同時記錄其位置信息。該方法通過給單個DNA或RNA分子添加短的DNA序列標(biāo)簽，即唯一分子標(biāo)識符UMI，然后跟蹤這些標(biāo)簽之間的相互作用來實(shí)現(xiàn)。這種相互作用有助于創(chuàng)建反映基因空間排列的分子網(wǎng)絡(luò)，從而生成一個三維圖像。

在使用體積DNA顯微鏡時，UMI會附著于細(xì)胞內(nèi)的DNA和RNA分子上，并開始復(fù)制。這個過程會產(chǎn)生唯一事件標(biāo)識符UEI。每個UEI都是獨(dú)一無二的，它們幫助確定每個基因分子的具體位置。相鄰的UMI因相互作用頻繁，產(chǎn)生的UEI也較多，這為計算模型提供了重建原始位置所需的信息，進(jìn)而創(chuàng)建基因表達(dá)的空間圖。

與依賴光線或鏡頭的傳統(tǒng)顯微鏡不同，體積DNA顯微鏡依靠計算分子間的相互作用來創(chuàng)建圖像。這種方法被比喻為利用手機(jī)數(shù)據(jù)確定城市中人們的位置，就像知道手機(jī)號碼可以幫助定位個人一樣，分析分子間的互動也可以推斷它們在體內(nèi)的位置。

這項技術(shù)不依賴先前知識，因此適用于探索未知背景下的基因表達(dá)情況。如在腫瘤研究中，其可用于繪制腫瘤微環(huán)境及免疫系統(tǒng)交互作用的地圖，這對于發(fā)展更精確的癌癥免疫治療或定制個性化疫苗具有重要意義。