科技日報記者 羅云鵬
記者4月25日獲悉，基于華大智造平臺，來自中國農業大學的研究團隊發起并構建出全球首個10萬規模雞參考面板項目，并在第一階段建立全球首個雞類參考基因組資源庫，有望為雞種遺傳變異圖譜構建、人工選擇研究和精準育種提供基礎支撐。相關研究成果發表在國際期刊《基因組蛋白質組與生物信息學報》上。
群體基因組研究中，參考基因組面板是提升基因型填充精度的關鍵所在，目前牛和豬等經濟動物已分別建立標準化參考資源，雞作為全球飼養量最大的家禽，此前尚缺乏參考基因組面板。
在該研究中，華大智造DNBSEQ-T7基因測序平臺以及MGISP-960高通量自動化樣本制備系統、MGISTP-7000分杯處理系統為項目組提供了從樣本處理到基因測序的系統支持。
“最初應用低深度重測序技術時采用了進口測序平臺，但經過測序實測數據的對比，華大智造測序儀的數據準確性和數據質量與進口儀器相當。”中國農業大學教授胡曉湘介紹，華大智造測序儀在重復序列率明顯低于進口平臺，有助于得到更多的有效數據用于后續分析。
據悉，研究團隊在第一階段采用低深度測序獲得10104份商品雞樣本，并搜集1847個高深度測序樣本，構建出兩個高質量子面板，系統評估出不同策略下的基因型填充性能，同時在模擬與真實性狀中展示了其在GWAS和因果變異定位中的優勢。
“我們借助AI深度學習與大語言模型方法，將基因組作為一門語言來進行深入的研究。”胡曉湘表示，“雞的基因組弄明白后，對我們理解人類和其他動物疾病均有幫助，這是我們這個項目希望實現的意義。”
另悉，中國農業大學國家模式動物科學中心于2024年與華大智造達成戰略合作，共建國家模式動物科學中心DCS Lab，華大智造高通量基因測序儀、全自動分杯處理系統、高通量自動化樣本制備系統、全自動核酸提取純化儀等多個平臺及設備已入駐，以助力搭建從提取建庫到測序的完善系統平臺。
